先看清处在哪个阶段：稽查发现、预评通知还是正式评定
管理费、服务费被 BIR 否定后，第一件事是弄清楚这份文件处在稽查的哪个阶段，因为每个阶段能做的事和回应期限都不同。同样是「费用不认」，出现在稽查人员的口头意见里、出现在书面的初步发现里、出现在预评通知里，还是已经写进正式评定通知里，应对方式完全不一样。
稽查阶段的讨论和非正式会议，是补充证据、解释交易性质成本最低的窗口；到了预评和正式评定阶段，回应要以书面形式、在规定期限内提交，错过期限可能让评定变成确定的结果。各阶段的程序和期限，以 BIR 现行规章为准，流程总览见 BIR 税务稽查全流程。
拿到文件的当天，建议做三件事：把文件交给负责的注册会计师，确认它的性质和回应期限；把被否定的费用逐项列出来，标明金额对应哪份合同、哪个年度、哪笔付款；同时确认这笔费用对应的预扣税当年有没有扣、有没有申报。很多公司在这一步才发现，同一笔管理费既被否定扣除，又被追补预扣税，两个问题是叠加的。
本文只讲关联收费已经被否定之后怎么应对；转让定价制度本身、关联交易披露和文档要求，见 菲律宾转让定价合规指南。
为什么会被否：多数不是价格问题，而是证明不了服务真的发生
关联收费被否定，最常见的原因不是收得太贵，而是拿不出证据证明服务真实发生、菲律宾公司确实受益。稽查人员通常会问三个问题：母公司到底提供了什么服务；菲律宾公司从中得到了什么好处；这笔费用是怎么算出来的。三个问题答不上来，费用就可能整笔被剔除。
常见的薄弱环节有：只有一份笼统的服务协议，写着「管理支持」「技术协助」之类的大词，没有具体服务清单；费用按集团总费用简单分摊，没有说明分摊基础；服务内容其实是股东层面的监督和集团管理，本来就不该由子公司买单；服务和菲律宾公司已有的员工职能重复；发票和付款时间与服务期间对不上；或者从头到尾没有交付成果、会议记录、邮件往来等痕迹。
还有一种情况是费用本身合理，但付款流程有问题：例如付款时没有按规定预扣税，或者付款凭证只有母公司的内部账单，没有符合要求的发票。这类问题会让稽查人员对整笔交易都产生怀疑。审计报告里关联交易披露不完整，也会引来追问，常见错误见 年度审计报告常见错误。
弄清楚被否的是哪一种原因，才能决定补什么证据、怎么写回应。
回应怎么准备：补服务证据链，而不是只补一份合同
回应关联收费被否，要补的是一条完整的服务证据链：协议、服务内容、投入、交付、受益和计费依据，缺一环都可能整笔被否。只补签一份新合同是最常见也最无效的做法，倒签的协议还会让问题变得更严重。
证据链可以按六层来整理：第一层是当年已经存在的服务协议及其附件；第二层是服务内容清单，具体到做了哪些事、由谁做、在什么时间；第三层是投入记录，例如参与人员、工时、差旅；第四层是交付成果，例如报告、系统、培训材料、审核意见；第五层是菲律宾公司的受益说明，即这些服务帮助它完成了什么、节省了什么；第六层是计费依据，说明费用怎么算、分摊基础是什么、和独立第三方收费是否可比。
材料要尽量用当时形成的原始文件，例如当年的邮件、会议记录、系统日志，而不是事后补写的说明。事后整理的汇总表可以作为索引，但不能代替原始证据。外文资料要附翻译，金额要能和账目、发票、银行付款逐一对上。
回应文书要按 BIR 要求的格式和期限提交，并保留提交回执。如果稽查人员同时要求提交账簿和凭证正本，处理方式可参考 收到 BIR 责令提交账簿的传票怎么办。
预扣税和税收协定：被追补的那一块单独处理
向境外关联方支付管理费、服务费，通常涉及预扣税；如果当年没扣或扣得不对，稽查时会被单独追补，而且这一块和费用能否扣除是两件事。很多公司把两个问题混在一起：以为只要证明服务真实，预扣税就不用管了。实际上，即使费用最终被认可扣除，付款时该扣未扣的预扣税仍然可能被追补；反过来，费用被否定，也不当然意味着预扣税问题消失。
判断预扣税的关键是付款的性质：是服务费、特许权使用费、技术服务费还是利息，不同性质的跨境付款适用的预扣规则和税收协定条款不同。服务是在菲律宾境内还是境外提供，也会影响判断。中国与菲律宾之间有避免双重征税的协定，能否适用协定的优惠待遇，需要按协定条款和 BIR 现行程序准备文件，思路见 中菲税收协定怎么用。
我们不在这里写具体税率，因为不同性质的付款适用不同规则，也会随规定调整。实务建议是：让注册会计师把每一笔关联付款按性质重新分类，算清楚当年应扣、实扣和差额，再决定在回应中承认哪部分、争辩哪部分。承认明确该扣而未扣的部分，往往比整体否认更能获得稽查人员的信任。
往后年度怎么调整：别让同样的问题每年重来
这一年的问题处理完，往后年度要同步调整关联收费安排，否则下一次稽查会拿这一年的结论作为起点。被否定过的关联收费，在后续年度很容易再次成为稽查重点；如果安排没变，证据没补，同样的结论会一年一年重复出现。
调整可以从四个方面入手：一是重写服务协议，把服务内容、交付标准、计费方式和分摊基础写具体，并在服务开始前签署；二是建立服务记录制度，按季度整理服务清单、投入和交付成果，形成当期的证据；三是检查计费方式是否合理，必要时做可比性分析，确认价格符合独立交易原则；四是理顺付款流程，确保每笔付款都有符合要求的发票、按规定预扣税并及时申报。
如果集团内服务确实主要是股东层面的监督和管理，应该考虑由母公司自己承担，而不是硬分摊给菲律宾公司；这类费用即使分摊，也很难被认可。关联交易的年度披露和文档要求，以 BIR 现行规定为准，可对照 转让定价合规指南 逐项检查。
还要注意公司内部的资金往来：老板或母公司从菲律宾公司拿钱、挂成往来款，同样会被稽查追问，处理方式见 股东往来被审计或 BIR 点名怎么处理。
哪些情况该和解、哪些值得争，以及易行能做什么
证据确实不足的部分，及早承认并协商处理往往更划算；证据完整、只是解释不到位的部分，值得认真争取。是否走和解、分期或正式抗辩，要权衡补税金额、附加费用、公司的现金流以及长期的税务关系。BIR 的和解与分期安排有各自的适用条件，以现行规定为准。
判断时可以把被否定的费用分成三堆：第一堆是有完整证据链、只是当时没有提交的，补齐证据后积极争取；第二堆是部分证据缺失、但能合理说明的，在回应中如实说明并争取部分认可；第三堆是确实拿不出服务证据，或者本质上是股东费用的，考虑接受调整，把精力放在前两堆。
这种分层处理，比全部否认或全部接受都更务实。全部否认会消耗信任，全部接受则会把本来可以争取的部分也放弃掉。整个过程中，所有对外文书都要由注册会计师或税务律师审核，避免为了解释一个问题而在书面上制造新的问题。
易行国际旅行社（SEC 注册号 CS202009551，菲律宾移民局认证代办 CA-202624381-1）为在菲中资企业提供 合规托管服务：关联交易资料的整理与证据链建档、稽查期间的文件准备与进度跟进、往后年度服务协议与付款流程的规范化。我们不替代注册会计师和税务律师，涉及评定抗辩、复议或诉讼的，会协助对接执业专业人士。
个案请咨询执业律师或注册会计师，本文不构成法律或税务意见。