先看清 BIR 的说法：是认定性质变了，还是认为你根本没扣
付给境外的「服务费」被 BIR 认定为特许权使用费，核心争议是这笔钱的性质：你认为买的是服务，对方认为你付的是使用技术、软件、商标或专有知识的对价，因而适用不同的预扣税处理，要你补扣补缴。先把通知读清楚，分清对方到底在质疑什么。
常见的情形有两种。第一种是性质认定之争：公司按服务费处理，或者认为该笔服务在境外提供、不需要在菲律宾预扣；稽查人员认为合同实质是许可使用，应按特许权费预扣。第二种是程序问题：公司根本没有对这笔境外付款做预扣，也没有申请税收协定待遇，现在被要求补缴。两种情况的应对重点不同，前者靠合同和证据争性质，后者还要处理补缴和附加费用。
付给母公司或关联公司的管理费、服务费整体被剔除、不准扣除的问题，在 母公司收的管理费被稽查否定怎么办 中已经讨论。本文只讲付款被改认定为特许权费、要求补预扣税这一种情形。任何时候，都不要在这个阶段自行修改以前的申报或补签合同，先把证据保全下来。
争性质靠证据：合同写什么、实际发生了什么
性质之争最终看的是证据：合同条款怎么约定、对方实际提供了什么、公司实际得到了什么。只拿一份合同去争，往往不够；稽查人员会看实质，而不是合同的标题。
需要整理的材料包括：完整的合同及附件，特别是关于知识产权归属、使用许可、保密、交付成果的条款；服务实际发生的记录，例如工作报告、会议纪要、往来邮件、交付文件、人员出差记录；发票与付款记录，以及计价方式是按工时、按项目，还是按销售额或使用量提成。按销售额或使用量提成，往往被视为特许权费的特征之一；按工时或按项目计价、且成果归公司所有，更接近服务。
如果合同中同时包含服务和技术许可，可以考虑能否合理拆分，分别说明各部分的性质和对应金额。证据不足的部分，要如实承认并评估补缴的成本，而不是全部否认。稽查要求提交账簿和文件时，按程序配合，做法可参考 收到 BIR 责令提交账簿的传票怎么办。整理过程中保持一份材料清单，记录每份证据对应的是哪一个争议点。
税收协定能不能用：事前没申请，事后还有没有机会
付款对象所在的国家或地区如果与菲律宾签有税收协定，特许权费和服务费在协定下的处理可能比国内规定更优惠；但能否享受、怎么享受，取决于程序是否做到位。中国与菲律宾之间签有税收协定，基本适用方法见 中菲税收协定怎么用。
协定待遇通常需要满足一定的条件，并提交相应的证明文件，例如收款方的税收居民身份证明、受益所有人的说明，以及按 BIR 当期规定提交的申请或备案材料。很多公司的问题在于：付款时没有做任何申请，按国内规定也没有预扣，等到稽查时才想起协定。
事后能否补申请、补申请后能否追溯适用于以前的付款，在实务中有不同的口径，以 BIR 现行规定和专业意见为准，这里不下结论。比较稳妥的做法是：立即着手准备收款方的居民身份证明等文件，和注册会计师或税务律师评估事后主张协定待遇的可行性，同时把它作为回复稽查的论点之一，而不是唯一的依据。
本文不写任何税率。协定下的具体税率、国内规定的税率，以及两者如何比较，请以 BIR 现行规定和会计师意见为准。
回复稽查和评税通知：期限、结构和要不要和解
收到相关的发现事项或评税通知，要在期限内书面回复，按「事实—合同—证据—结论」的结构逐项说明；回复之前先请专业人士算清楚，争、和解、还是补缴，哪个更划算。评税程序通常分为几个阶段，每个阶段都有回复期限，错过期限可能导致评定确定、失去争议的机会，具体以通知说明和 BIR 现行程序为准，整体流程见 BIR 税务稽查全流程。
回复的结构建议是：先说明交易背景和商业目的；再引用合同条款，说明双方约定的是什么；然后用实际发生的证据证明服务真实存在、成果归属公司；最后得出这笔付款属于服务费、而不是特许权费的结论。对于确实带有许可性质的部分，可以主动拆分说明，表现出实事求是的态度。
如果证据不足、争议成本高于补缴金额，或者问题只涉及少数几笔付款，和解或补缴可能是更务实的选择。是否和解、怎么和解，以 BIR 当期政策和专业意见为准。不论选择哪条路，都要确保后续年度不再重复同样的问题。
以后的付款怎么做：合同、预扣、申请三件事一起改
被稽查一次之后，后续的境外付款要从合同、预扣和协定申请三个方面一起调整，避免每年被同样的问题追缴。第一，合同：把服务内容、交付成果、知识产权归属、计价方式写清楚；如果确实同时包含服务和许可，分开约定、分开计价。第二，预扣：按专业意见确定每一类付款的预扣处理，在付款时就预扣并按期申报缴纳，而不是等稽查后再补。第三，协定：需要享受协定待遇的，提前准备收款方的居民身份证明等文件，按 BIR 当期要求办理申请或备案。
另外，境外付款还涉及外汇和银行审核，银行通常会要求提供合同、发票和完税证明，税务处理不清楚，付款本身也可能被卡住。把税务和付款流程一起梳理，可以减少很多后续麻烦。
如果以前年度的申报存在明显错误，需要评估是否更正，做法与限制见 报税报错了怎么办。所有调整，都建议先由注册会计师确认，再落到合同和申报中。
易行能做什么
境外付款被改认定为特许权费，难点在于把一笔已经发生、可能好几年前的交易，用证据重新讲清楚。很多中资公司向母公司或境外供应商付款时，合同是总部模板，往来记录分散在不同人手里，等到稽查时才发现很难证明服务真实发生。
易行国际旅行社（SEC 注册号 CS202009551，菲律宾移民局认证代办 CA-202624381-1）为在菲中资企业提供 税务合规与优惠服务，可以协助：整理境外付款合同及服务发生的证据，建立付款与证据对照表；协助对接注册会计师和税务律师，评估性质争议和协定待遇的可行性；追踪稽查和评税通知的回复期限，准备回复材料；协助调整后续境外付款的合同模板、预扣流程和协定申请材料；以及与银行沟通境外付款所需文件。我们不替代注册会计师和律师，不承诺稽查结果，涉及争议和诉讼的会协助对接执业专业人士。
如果同一次稽查中还涉及管理费被剔除等问题，可一并参考 母公司收的管理费被稽查否定怎么办 统筹处理。
个案请咨询注册会计师或执业律师，本文不构成法律或税务意见。